1. 专著
(1) 蔡曙山、邹崇理：《自然语言形式理论研究》，北京：人民出版社，2010。
(2) 蔡曙山：《语言、逻辑与认知》，北京：清华大学出版社，2007。
(3) 蔡曙山：《言语行为和语用逻辑》，北京：中国社会科学出版社，1998年出版，2000年重印。作者改进了英、美著名语言哲学家奥斯汀（J. L. Austin）、塞尔（John R. Searle）等人的工作，建立了语用逻辑形式系统，并将其应用于计算机语言和行为的分析。这项研究受到美国艺术与科学院院士、美国人文科学国家总统奖章获得者、著名语言哲学家塞尔的赞誉。
2. 编、译著
(4) 米黑尔•罗科、威廉•班布里奇编，蔡曙山等译：《聚合四大科技，提高人类能力：纳米技术、生物技术、信息技术和认知科学》，北京：清华大学出版社，2010。本书入选2011年中央国家机关“强素质，作表率”读书活动科技类唯一推荐书目。
(5) Cai, Shushan. et al. (eds.) Logic, Methodology and Philosophy of Science, Proceeding of 13th International Congress, London: King’s College Publications, 2011.
(6) Cai, Shushan. et al. (eds.) Mind and Cognition, Beijing: Tsinghua-Springer Press, 2012.
3.论文（已发表学术论文140余篇，被中国期刊网全文选用80多篇，此处选60篇）
(1) 蔡曙山. 科学发现的心理逻辑模型，北京：《科学通报》，2013年第58卷，2013, 58: 3530–3543, doi: 10.1360/ 972012–515。SCI。
(2) 蔡曙山. 心理与逻辑：人类认知的两个重要通道，北京：《科学中国人》，2012年第22期。
(3) 衣新发，赵倩，蔡曙山. 中国军人心理健康状况的横断历史研究:1990～2007，北京：《心理学报》，2012, Vol. 44, No.2, 226−236 6−236。CSSCI。
(4) 张玲, 蔡曙山, 白晨, 衣新发. 假言命题与选言命题关系的实验研究——对逻辑学、心理学与认知科学的思考，太原：《晋阳学刊》，2012年第03期，83–87。CSSCI。
(5) Cai, S. The age of synthesis: From cognitive science to converging technologies and hereafter, Beijing: Chinese Science Bulletin（《科学通报》英文版）, 2011, 56: 465–475, doi: 10.1007/s11434–010– 4005–7. SCI.
(6) Bai, C.; Cai, S. & Shumacher, B. P. Reversibility in Chinese word formation influences target identification. Neuroscience Letters 2011, 499, 14–18. doi:10.1016/ j.neulet.2011.05.020. SCI.
(7) Cai, Shushan. The role of abduction in learning and cognition, in 14th International Congress of Logic, Methodology and Philosophy of Science, July 19–26, 2011, Nancy, France.
(8) 衣新发, 蔡曙山. 认知科学、聚合技术与中国国家安全，石家庄：《河北学刊》，2011(5):179–182。CSSCI。
(9) 蔡曙山，白晨，衣新发，韩旭. 推理在学习与认知中的作用，重庆理工大学学报，2011年第8期，6–11。
(10) 蔡曙山，白晨，韩旭，易源俏. 继续推进多学科认知科学研究，科学中国人，2011年第11期，28–31。
(11) 宋春艳，蔡曙山. 塞尔哲学的新进展：社会本体论，哲学动态，2011年第4期，46–53。CSSCI。
(12) 宋春艳，蔡曙山. 范式与制度性事实，自然辩证法研究，2011年第3期，7–11。CSSCS。
(13) 衣新发，林崇德，蔡曙山，黄四林，陈桄，罗良，唐敏. 留学经验与艺术创造力，北京：《心理科学》，2011，34(1): 190–195。CSSCI。
(14) 衣新发，侯宁，蔡曙山，彭凯平. 铁路机车司机的心理资本和心理健康. 北京交通大学学报，2011(4), 53–57。CSSCI。
(15) 衣新发，蔡曙山. 创新人才所需的六种心智. 北京师范大学学报，2011年第4 期, 31–40。新华文摘，2011年第21期全文转。CSSCI。
(16) 衣新发，蔡曙山，刘钰.文化因素影响创造力的实证研究. 社会科学论坛, 2010, 8, 4–12。CSSCI。
(17) Cai, S. CS, NBIC and unifying science and education, Proceedings of the 7th International Conference on Cognitive Science, Hefei: University of Science and Technology of China Press, 2010. ISTP.
(18) 蔡曙山. 综合再综合：从认知科学到聚合科技，合肥：《学术界》，2010(6):5–24。CSSCI。
(19) 蔡曙山. 人类心智探秘的哲学之路――试论从语言哲学到心智哲学的发展，太原：《晋阳学刊》，2010(3): 3–11。CSSCI。
(20) Cai, S. Convergence and development of psychology and logic on the frame of cognitive science, Social Sciences in China, August 2009(3): 93–107. Taylor & Francis Group Ltd. 2009. SSCI。
(21) 蔡曙山. 认知科学框架下心理学、逻辑学的交叉融合与发展，《中国社会科学》，2009(2): 25–38。CSSCI。
(22) Cai, S. The twelve Chinese zodiac animal signs: their semiotic explanation and cognitive significance, Proceeding of 10th World Congress of Semiotics, 2009. ISSTP.
(23) Cai, S. The Language Preferred Models in Cognition, Proceeding of CINACS, Hamburg University, 2008. ISSTP。
(24) 蔡曙山. 从语言到心智和认知：20世纪语言哲学和心智哲学的发展，以塞尔为例，石家庄：《河北学刊》，2008(1): 43–52。CSSCI。
(25) Cai, S. Logics in a New Frame of Cognitive Science: On Cognitive Logic, its Objects, Methods and Systems, Logic, Methodology and Philosophy of Science: Proceeding of the 13th International Congress，Vol.1. London: King’s College Publications, 2009, 427–442. ISSTP.
(26) Cai, S. A Cognitive Model with Two Structures of Language and World, Mind and Cognition, Tsinghua-Springer, 2008.
(27) 蔡曙山. 论形式化，北京：《哲学研究》，2007(7): 97–105。CSSCI。
(28) 蔡曙山. 认知科学：世界的和中国的，合肥：《学术界》，2007(4): 7–19。北京：《新华文摘》转载，2007(19): 27–31。CSSCI。
(29) 蔡曙山. 认知科学研究与相关学科的发展，南昌：《江西社会科学》，2007(4): 243–248，CSSCI。
(30) 蔡曙山. 关于哲学、心理学和认知科学的12个问题与塞尔教授的对话，合肥：《学术界》，2007(3): 7–17。中国人民大学复印报刊资料《心理学》卷全文转载2007(7): 2–9。CSSCI。
(31) 蔡曙山. 逻辑、心理与认知――论后弗雷格时代逻辑学的发展，杭州：《浙江大学学报》，2006(6): 5–12。CSSCI。
(32) 蔡曙山. 没有乔姆斯基，世界将会怎样，石家庄：《社会科学论坛》，2006(6): 5–18。
(33) 蔡曙山. 论虚拟化，杭州：《浙江社会科学》，2006(5): 111–121。CSSCI。
(34) 蔡曙山. 符号学三分法及其对语言哲学和语言逻辑的影响，北京：《北京大学学报》，2006(5): 50–58。CSSCI。
(35) 蔡曙山. 再论哲学的语言转向及其意义，合肥：《学术界》，2006(4): 20–39。CSSCI。
(36) 蔡曙山. 认知科学背景下的逻辑学，南京：《江海学刊》，2004(5): 23–30。CSSCI。
(37) 蔡曙山. 论我国大学文科的发展阶段及办学理念，《学术界》，2004年第1期，7–25。被引29次。
(38) 蔡曙山. 代表性学术成果作为艺术人文与社会科学评价指标的意义－－兼论CSSCI的科学评价功能及其发展方向，江西社会科学，2004年第6期，第208–220。被引26次。
(39) Cai, S. Logic, Speech and Communication, Proceeding of 8th Congress of IASS/AIS International Association for Semiotics Studies, Lyon, 2004.
(40) Cai, S. A Formal System for the Illocutionary Force and Its Application in AI, Beijing, Social Sciences in China（北京：《中国社会科学•英文版》）, Vol. XXIV No.3, 2003 (autumn): 142–148。CSSCI。
(41) 蔡曙山. 经验在认知中的作用，北京：《科学中国人》，2003(12): 37–39。
(42) 蔡曙山. 学科交叉视野中的现代逻辑，北京：《科学中国人》，2003(11): 14-17。
(43) 蔡曙山. 心智科学的若干重要领域探析，北京：《自然辩证法通讯》，2002(6): 75–80。CSSCI。
(44) 蔡曙山. 模态的语用逻辑，北京：《清华大学学报》，2002(3): 20–26。CSSCI。
(45) 蔡曙山. 中国社会科学发展和社会科学评价，合肥：《学术界》，2002(3): 7–20。CSSCI。
(46) 蔡曙山. 科学与学科的关系及我国的学科制度建设，北京：《中国社会科学》，2002(3): 79–80。CSSCI。
(47) 蔡曙山. 论技术行为、科学理性与人文精神，北京：《中国社会科学》，2002(2): 77–86。CSSCI。
(48) 蔡曙山. 哲学家如何理解人工智能，北京：《自然辩证法研究》，2001(11): 18–22。CSSCI。
(49) 蔡曙山. 论数字化，北京：《中国社会科学》，2001(4): 33–42。CSSCI。
(50) 蔡曙山. 论哲学的语言转向及其意义，合肥：《学术界》，2001(1): 16–27。CSSCI。
(51) 蔡曙山. 逻辑学与现代科学的发展，北京：《中国社会科学》，2000(4): 79–88。
(52) 蔡曙山. 语用逻辑及其在计算机语言和人工智能中的应用，广州：《中山大学学报》，2000(2): 35–41。
(53) 蔡曙山. 试论金岳霖的道路，广州：《中山大学学报论丛》，2000(2): 1–9。
(54) 蔡曙山. 对我国社会科学生产力现状的分析，合肥：《学术界》2000(1): 5–16。
(55) 蔡曙山. 从处理好几个关系看社科规划，载1999年3月18日《人民日报》。
(56) 蔡曙山. 量化的语用逻辑，北京：《哲学研究》，1999(2): 65–73。CSSCI。
(57) 蔡曙山. 命题的语用逻辑，北京：《中国社会科学》，1997(5): 46–55。CSSCI。
(58) 蔡曙山. 政策分析原理，北京：《中国行政管理》，1991(10): 36–37。CSSCI。
(59) 蔡曙山. 词项逻辑与亚里士多德三段论，北京：《哲学研究》，1989(10): 66–74。CSSCI。
(60) 蔡曙山. 一个与卢卡西维茨不同的亚里士多德三段论形式系统，北京：《哲学研究》，1988(4): 33–41。CSSCI。
